شرکت آب و فاضلاب استان یزد دارای 6 معاونت و 6 دفتر مستقل می باشد که اطلاعات مرتبط با آن در ادامه آورده شده است.
معاونین
معاونت منابع انسانی و تحقیقات
معاونت خدمات مشترکین و درآمد
معاونت مالی و پشتیبانی
معاونت برنامه ریزی و توسعه سرمایه گذاری
معاونت بهره برداری و توسعه آب
معاونت بهره برداری و توسعه فاضلاب
دفاتر مستقل
قائم مقام
مدیر دفتر هیئت مدیره و مدیرعامل
دفتر حسابرسی و نظارت مالی
روابط عمومی و آموزش همگانی
دفتر کنترل کیفیت و بهداشت آب و فاضلاب
حراست و امور محرمانه
امور حقوقی و قراردادها